金門，古稱浯洲、浯江、浯島…，又因為自海上遠眺金門太武山，宛如臥躺的仙人，故又名仙洲。金門隸屬福建省，由16個大小島嶼組成，總面積約為178.956平方公里；地質是由花崗片麻岩所組成。金門地處福建省東南方之廈門灣，位於九龍江出口，全縣面積150.145平方公里（本島為134.25平方公里，尚轄烈嶼、大擔、 二擔、烏坵、東引、東碇、北碇、等12座島嶼）。
島形中狹，東西端較寬。東西向約20公里；南北向最長處在東，約15公里；中部最狹處僅3公里，誠如金錠狀（或是一根骨頭）。西距廈門外港約10公里，東距臺灣約190公里。其緯度約與臺中地區相當（約在北緯24度）。在氣候上金門地屬亞熱帶海洋性氣候因金門為在海峽中之島嶼，四面無高山屏障，中間則丘陵起伏，故風力較強，夏季有西南海風的吹拂，每屆清明期間常有濃霧，臺金交通大受影響；冬季則有強烈的東北季風。
金門國內商港規劃為一港三港區，包括位於大金門島東南側之料羅港區、西側之水頭港區，以及位於小金門島之九宮港區。
一、 料羅港區
金門港料羅港區位於大金門島東南端、料羅灣東端之近岸海域，港口位於北緯24o24'36"、東經118o25'30"。
二、 水頭港區
金門港水頭港區位於大金門島西南側、浯江溪口南岸、金門港道西側近岸海域，港口位於北緯24o25'22"、東經118o17'7"。
三、 九宮港區
金門港九宮港區位於小金門島煙墩山腳之近岸海域，港區位於北緯24o25'33"、東經118o15'44"。
各港埠地理位置詳下圖。