| 歷史沿革
金門縣料羅港區位置為：北緯24度24分32秒、東經118度25分40秒。位於臺灣本島西方約190公里之海域，一直扮演衛戌臺澎地區之前哨基地，由於長期實施戰地政務以及因島上資源缺乏，致經濟發展較遲緩。長久以來金門地區絕大部份之民生物資，皆須仰賴臺灣本島經由料羅港輸運補給，於戰地政務期間，料羅港設施雖未盡理想，但尚能滿足需求。民國81.11.7解除戰地政務；並開放觀光後，海運量遽增，料羅港之裝卸能量逐漸不足。
徹底改善臺灣、金門；以及大、小金門間之交通，提升金門居民之生活品質，促進金門地區之發展，一直是政府施政的目標。民國78年交通部辦理「金門港埠設施發展計畫研究」計畫；其後金門縣政府於民國83年完成「金門縣籌設水頭國內商港工程規劃」研究，行政院經濟建設委員會爰於民國84.9.15召集國防部、金防部、金門縣政府及交通部研商，確定水頭國內商港實有興建之必要，惟其運量及規模應再詳研。基此，交通部運輸研究所乃於民國86年完成「金門水頭商港碼頭後續規劃」研究，修正水頭商港之規模及港域佈置，作為後續作業之依據。
金門縣政府於85.8.2獲行政院經建會同意水頭商港第一期興建計畫，含7座碼頭及防波堤等設施，總經費21億元，分5年執行。為通盤檢討金門地區海運需求及港埠整體發展策略，縣府特委託前臺灣省政府交通處港灣技術研究所(已改制為交通部運輸研究所港灣技術研究中心)於民國87年完成「金門海運發展評估計畫」研究，在確定興建水頭商港之前提下，擬具料羅港及九宮碼頭區之軟硬體改善設施。
縣府延續上述各計畫之辦理成果及依據行政院88.7.8核定之「金門地區綜合建設方案(89～93年度)」內容，除積極進行料羅港淺水碼頭擴建計畫，以因應短期之運量成長需求外，更同步推動「金門水頭國內商港整體規劃」計畫。該計畫於88.10.21環保署審查獲有條件通過，並於89.1.27辦理公開說明會。縣府亦循程序同步陳報「金門水頭國內商港整體規劃及未來發展計畫」並獲交通部審查同意，復於89.2.16陳報行政院，獲核示：「……，先審慎研擬『金門港埠整體規劃及未來發展計畫』報核後，再據以妥為擬定本案計畫報核；至於所需經費應依行政程序送請本院公共工程委員會審議後，再分年循預算程序核實編列預算辦理」。
縣府據此再循程序陳報『金門港埠整體規劃及未來發展計畫』，經建會復於審議後函示：「…，現有料羅港即將配合實施通航需要，進行必要之改善擴建，應再就發展料羅港，與新建水頭商港，綜合比較，審慎評估，研擬最適發展方案…。」縣府復依據行政院秘書長89.8.14就料羅港改善與擴建計畫、補充修正「金門水頭商港整體規劃及未來發展計畫」部分內容(如詳實地質資料)、改善擴建料羅港與新建水頭商港之綜合比較審慎評估、小金門九宮碼頭之功能定位並作必要之改善及金門港埠之規劃建設經營管理改進方案等問題，檢討修訂再提送交通部轉行政院審核。
為使金門各項港埠建設計畫能早日落實，水頭商港開發計畫儘速取得中央政府核可，以帶動金門地區繁榮發展，交通部於89.10.9召開會議，進一步輔導縣府對水頭商港港區碼頭佈置方案一併檢討，由港灣技術研究中心協辦。
縣府進一步進行各項資料評估、修訂及補充調查工作，計畫書修訂期間，行政院經建會公共建設計畫審查評估專案小組完成「航空及港埠次類別檢討評估報告」，建議：金門宜以一港三港區(料羅、水頭、九宮)之理念來做整體規劃。因此，金門港於89.12.4奉行政院核定為國內商港，並分為一港三港區，包括料羅港區、水頭港區、九宮港區；90.6.14核定「金門港埠整體規劃及未來發展計劃90年中至94年」，經費25億元，共完成水頭碼頭西堤、北堤、料羅碼頭南外廓防波堤等工程。
自90年實施試辦「金門馬祖與大陸地區通航」（俗稱小三通），為配合兩岸通航業務，因此水頭港區港埠設施配合辦理調整，且因應金門港埠發展，延續「金門港埠整體規劃及未來發展計畫（90-95）」之建設之成果，研擬「金門港埠整體規劃及未來發展計畫（民國96-100年）」案，經行政院98.08.05核定，據以執行各項工程。
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